Unia Hrubieszów została założona 13 kwietnia 1945 roku w Hrubieszowie. Klub przez 75 lat istnienia zmieniał nazwy ośmiokrotnie.
Dotychczasowe nazwy:
- AKS Hrubieszów (13 kwietnia 1945 - 18 marca 1948)
- Kupiecki Klub Sportowy "GROM" (18 marca 1948 - 4 marca 1950)
- Zrzeszenie Sportowe "Związkowiec" (4 marca 1950 - 4 stycznia 1951)
- Zrzeszenie Sportowe "Ogniwo" (4 stycznia 1951 - 1954)
- Terenowe Koło Sportowe "Sparta" (1954 - 1957)
- Spółdzielczo - Rzemieślniczy Klub Sportowy "Unia" (1957 - 20 grudnia 1973)
- Ludowy Klub Sportowy "Unia" (20 grudnia 1973 - 16 października 1993)
- MKS Unia Hrubieszów (od 16 października 1993)
Sekcje:
Przez 75 lat działalności klub posiadał jedenaście sekcji (pogrubione nadal istniejące)
- sekcja bokserska
- sekcja kolarska
- sekcja koszykówki
- sekcja lekkoatletyczna
- sekcja piłki nożnej
- sekcja piłki ręcznej
- sekcja pływania
- sekcja podnoszenia ciężarów
- sekcja siatkówki
- sekcja strzelecka
- sekcja szachowa
Sekcja piłki nożnej:
Jak do tej pory czterem wychowankom Unii udało się zagrać na najwyższym szczeblu rozgrywek. Byli to:
- Janusz Rybak (Radomiak Radom) - 1 sezon 1984/85
- Krzysztof Marchewka (Stal Mielec) - 1 sezon 1985/86
- Tomasz Kiełbowicz (Siarka Tarnobrzeg, Raków Częstochowa, Widzew Łódź, Polonia Warszawa, Legia Warszawa) - 18 sezonów 1993/94 - 2012/13
- Dawid Nowak (GKS Bełchatów, Cracovia Kraków, Bruk-Bet Termalica Nieciecza) - 11 sezonów (2005/06 - 2014/15 oraz sezon 2016/17)
Występy pierwszej drużyny w rozgrywkach ligowych:
- 1946 - 1950 - klasa "B"
- 1950 - 1953 - klasa "A"
- 1953 - 1958 - klasa "B"
- 1958 - 1960 - klasa "A"
- 1960 - 1962 - klasa okręgowa
- 1962 - 1965 - klasa "A"
- 1965 - 1967 - klasa okręgowa
- 1967 - 1969 - klasa "A"
- 1969 - 1975 - klasa okręgowa
- 1975 - 1998 - IV liga
- 1998 - 1999 - klasa okręgowa
- 1999 - 2003 - IV liga
- 2003 - 2005 - klasa okręgowa
- 2005 - 2006 - IV liga
- 2006 - 2015 - klasa okręgowa
- 2015 - 2017 - IV liga
- 2017 - 2019 - klasa okręgowa
- 2019 - IV liga
Sukcesy sekcji piłki nożnej:
- Sezon 1974/1975 - Unia klasyfikowana była jako najlepszy zespół na Zamojszczyźnie.
- 14 kwietnia 1975 roku Unia wygrała z Hutnikiem Ruda Huta 28:0, a Piotr Paweł Pyszniak strzelił w tym meczu, aż 17 goli.
- 1979 - W czerwcu Unia pokonała w finale wojewódzkim Pucharu Polski Hetmana Zamość 7:3 (6 bramek strzelił Eugeniusz Gajec). W sierpniu już na szczeblu centralnym Unia gromi Igloopol Dębica 5:1, a następnie II ligowy Ursus Warszawa pokonuje 3:2 (2:2 bramki: Nowak, Gajec, Bojko) - kibiców na stadionie 3 tysiące. Unia znalazła się wśród 48 najlepszych drużyn w Polsce. 9 września w obecności 5 tysięcy kibiców Unia Hrubieszów przegrywa po dogrywce z Wigrami Suwałki 3:2 ( bramki: Bojko, Gajec)
-1980 - Unia ponownie wygrywa wojewódzki Puchar Polski, pokonując Hetmana Zamość 2:1 i awansuje do rozgrywek centralnych. Najpierw pokonuję Tarnovie Tarnów 2:1, lecz później w obecności 3 tyś widzów przegrywa z Avią Świdnik 2:0 i odpada z rozgrywek.
- Sezon 1993/94 - Unia jest o krok od awansu do III ligi (Po weryfikacji przez OZPN Unia Hrubieszów przegrywa walkowerem z Olimpiakosem Tarnogród za wystawienie nieuprawnionego zawodnika i zajmuje drugie miejsce w lidze).
- Sezon 2017/18 - Unia Hrubieszów wygrywa Puchar Polski na szczeblu zamojskim. Pokonując w rzutach karnych 7:6 Huczwę Tyszowce. Po 90 minutach było 2:2. Następnie 23 maja Unia wygrywa w 1/2 Pucharu Polski na szczeblu LZPN z Eko Różanka 1:0 (bramka Grui). 6 czerwca w Finale na szczeblu Wojewódzkim Unia Pokonuje III ligowe Orlęta Radzyń Podlaski 1:0 (bramka Romanowski) i awansuje do Pucharu Polski na szczeblu centralnym. 2 Października Unia Hrubieszów podejmuje u siebie ekstraklasowy Górnik Zabrze z którym przegrywa 9:0. Był to historyczny mecz dla Hrubieszowa, bowiem pierwszy raz Unia podejmowała zespół z Ekstraklasy.